UBND Tp.HCM đề nghị Bộ Giao thông vạn tải thống nhất việc thành phố tổ chức thẩm định, phê duyệt dự án nút giao An Phú, giai đoạn 1 và bàn giao hồ sơ dự án cho Tổng Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) triển khai các công việc đầu tư tiếp theo bằng nguồn vốn dư của dự án cao tốc Tp.HCM - Long Thành - Dầu Giây.
UBND Tp.HCM đề xuất, tầng âm của nút giao sẽ bố trí hầm chui 2 chiều kết nối cao tốc Tp.HCM - Long Thành - Dầu Giây với đường Mai Chí Thọ theo hướng đi về hầm vượt sông Sài Gòn và ngược lại. Tầng 1 (nổi) sẽ bố trí cầu vượt qua đường Mai Chí Thọ theo hướng kết nối 2 chiều giữa cao tốc Tp.HCM - Long Thành - Dầu Giây và đường Lương Định Của.
Như vậy, tuyến đường sắt nhẹ Long Thành - Thủ Thiêm và tuyến đường sắt Tp.HCM - Nha Trang sẽ đi trên cao, vượt đường Mai Chí Thọ để vào ga Thủ Thiêm.