Hợp đồng mà đối tượng là quyền sử dụng đất cũng là một loại hợp đồng và hợp đồng về quyền sử dụng đất không được quy định riêng về thời hiệu khởi kiện nên cũng phải tuân theo quy định chung về thời hiệu khởi kiện của hợp đồng. Pháp luật quy định về thời hiệu khởi kiện đối với hợp đồng có hiệu lực khác với thời hiệu khởi kiện đối với hợp đồng vô hiệu (thời hiệu yêu cầu tuyên bố giao dịch vô hiệu), và ở mỗi thời kỳ cũng có quy định khác nhau, cụ thể như sau:
* Nếu hợp đồng có hiệu lực thì thời hiệu khởi kiện như sau:
+ Hợp đồng dược xác lập từ 01-7-1991 đến 30-6-1996 là thời gian thi hành Pháp lệnh Hợp đồng Dân sự nên thời hiệu khởi kiện là 03 năm kể từ ngày vi phạm (Điều 56 Pháp lệnh Hợp đồng dân sự).
+ Hợp đồng được xác lập từ khi Pháp lệnh hợp đồng dân sự hết hiệu lực (01-7- 1996) đến trước khi Bộ luật Tố tụng Dân sự có hiệu lực (31-12-2004) thì pháp luật không có quy định thời hiệu khởi kiện đối với hợp đồng có hiệu lực nên thời hiệu khởi kiện không bị hạn chế.
+ Hợp đồng được xác lập từ thời điểm thi hành Bộ luật Tố tụng Dân sự (01-01- 2005) thì thời hiệu khởi kiện đối với hợp đồng có hiệu lực cũng theo quy định về thời hiệu khởi kiện chung tại Điều 159 Bộ luật Tố tụng Dân sự là 2 năm kể từ ngày quyền và lợi ích hợp pháp bị xâm phạm.
+ Đến thời điểm thi hành Bộ luật Dân sự (01-01-2006) thì đã có quy định về thời hiệu khởi kiện riêng về tranh chấp hợp đồng có hiệu lực (Điều 607 Bộ luật Dân sự) nhưng thời hạn vẫn là 2 năm kể từ ngày quyền và lợi ich hợp pháp bị xâm phạm (Điều 427 Bộ luật Dân sự)
* Đối với hợp đồng vô hiệu thì thời hiệu khởi kiện yêu cầu tuyên bố vô hiệu như sau:
+ Trước thời điểm thi hành Bộ luật Dân sự 1995 ( 1/7/1996) thì không có quy định thời hiệu yêu cầu tuyên bố giao dịch vô hiệu nên những hợp đồng vô hiệu xác lập trước 01-7-1996 không bị hạn chế về thời hiệu yêu cầu tuyên bố giao dịch vô hiệu. Cần lưu ý là trước đây có hướng dẫn khác nhưng sau đó đã được Nghị quyết 02/2004/NQ-HĐTP ngày 10-8-2004 của Hội đồng Thẩm phán Tòa án nhân dân tối cao hướng dẫn lại.
+ Hợp đồng vô hiệu xác lập trong thời kỳ thi hành Bộ luật Dân sự 1995 (từ 01- 7-1996 đến 31-12-2005) thì thời hiệu yêu cầu tuyên bố giao dịch dân sự vô hiệu được quy định tại Điều 145 là một số trường hợp xác định thời hiệu khởi kiện là 01 năm (ví dụ: giao dich vô hiệu vì lừa dối, nhầm lẫn, giao dịch với người chưa thành niên…); còn vô hiệu do vi phạm về hình thức, do giả tạo hoặc vi pham điều cấm của pháp luật, trái đạo đức xã hội thì không bị hạn chế về thời hiệu.
+ Theo quy định của Bộ luật Dân sự 2005 thì trường hợp vô hiệu do vi phạm điều cấm của pháp luật, trái đạo đức xã hội, do giả tạo thì không bị hạn chế về thời hiệu yêu cầu tuyên bố giao dịch vô hiệu; còn các loại vô hiệu khác (kể cả vô hiệu do vi phạm về hình thưc) đều có thời hiệu khởi kiện là 2 năm kể từ thời điểm xác lập giao dịch (Điều 136 Bộ luật Dân sự). Cần lưu ý là đã có quy định riêng (như Điều 145 Bộ luật Dân sự 1995, Điều 136 Bộ luật Dân sự) thì phải áp dụng quy định riêng chứ không áp dụng thời hiệu chung của Điều 159 Bộ luật Tố tụng Dân sự.